Revitalisasi Jagomanja dilakukan disebabkan adanya kepadatan penumpang yang terus meningkat karena demand transportasi KA yang tinggi, sehingga harus melakukan peningkatan kapasitas lintas. Oleh karenanya, dibutuhkan persinyalan yang handal dan memiliki performansi sistem yang tinggi.
Selain itu juga perangkat fasilitas operasi yang sudah berusia tua yang sudah sulit dicari suku cadangnya, performansi sistem yang menurun, hingga terjadinya gangguan perangkat persinyalan.
Kondisi jalur sebelumnya juga banyak terpasang sistem persinyalan yang berbeda-beda, sehingga sulit untuk mengintegrasikannya.
Begitu juga dengan pendistribusian daya KRL yang belum optimal dan menggunakan sistem yang lama berupa gardu meiden yang sudah berusia 25 tahun yang sulit dicari suku cadangnya.
Sebagai informasi bahwa proyek berada dalam area operasi KA yang sibuk, sehingga kegiatan proyek berpotensi dapat mengganggu perjalanan KA. Aktivitas pekerjaan hanya dapat dilakukan pada dini hari sampai menjelang operasi kereta pertama (selama 4 jam) atau disebut juga window time.
Jakarta Kota-Manggarai (Center Line) terdiri dari Stasiun Jakarta Kota, Jayakarta, Halte Mangga Besar, Halte Sawah Besar, Halte Juanda, Gambir, Halte Gondangdia, Halte Cikini, Manggarai.
Bogor-Manggarai (Bogor Line) terdiri dari Stasiun Bogor, Cilebut, Bojong Gede, Citayam, Depok, Depok baru, Halte Pondok Cina, Universitas Indonesia, Halte Universitas Pancasila, Halte Lenteng Agung, Halte Tanjung Barat, Pasar Minggu, Halte Pasar Minggu Baru, Halte Duren Kalibata, Halte Cawang, Halte Tebet, Manggarai.
Jatinegara-Manggarai (Loop Line) terdiri dari Stasiun Jatinegara, Halte Pondok Jati, Halte Kramat, Halte Gang Sentiong, Pasar Senen, Kemayoran, Halte Rajawali, Kampung Bandan, Angke, Duri, Tanah Abang, Halte Karet, Halte Sudirman, Manggarai.