Seiring berjalannya waktu, kelenteng Sam Poo Kong sudah beberapa kali menjalani pemugaran.
Revitalisasi besar-besaran dilakukan oleh Yayasan Sam Poo Kong pada Januari 2002.
Hingga pada tahun 2005 pemugaran Sam Poo Kong selesai, yang bersamaan dengan perayaan 600 tahun kedatangan Laksamana Cheng Ho di Pulau Jawa.
Di lokasi Kelenteng Sam Po Kong ini juga dapat dijumpai altar dan makam orang-orang kepercayaan Laksamana Zheng He yang sering pula dikunjungi pengunjung untuk berziarah.
Pemberian nama bangunan/gedung tersebut cukup unik mengingat pemberian nama didasarkan pada benda yang berasal dari kapal tersebut.
Bangunan-bangunan tersebut diantaranya :
1. Tempat Pemujaan Dewa Bumi
Disebut juga dengan nama Fu De Zheng Shen (Hok Tek Cheng Sin Hokkian).
2. Tempat Pemujaan Dewa Bumi
Dikenal sebagai Klenteng Thao Tee Kong merupakan tempat pemujaan untuk mengucapkan rasa terima kasih atau memohon berkah dan keselamatan hidup kepada Dewa yang menguasai Bumi.
Baca Juga: Pertamina Patra Niaga Fasilitasi Pembelian Kredit Karbon untuk Penerbangan Netral Karbon
3. Tempat Pemujaan Kyai Juru Mudi
Terdapat makam Juru Mudi kapal yang ditumpangi Laksamana Zheng He.
4. Tempat Pemujaan Sam Po Kong (Sam Po Tay Djien)